Una de las diferencias entre los centros públicos de enseñanza y los concertados radica en el estilo de gestión de los mismos. En principio, la capacidad de decisión de un centro concertado es bastante más amplia que la de cualquier centro público. Baste citar un ejemplo: la gestión del personal. En cualquier centro concertado se buscan soluciones de urgencia para cubrir las bajas de los profesores y no es habitual que los alumnos permanezcan más de una semana de clase sin un profesor que imparta la asignatura. El sistema público de gestión del personal obliga a que los centros públicos puedan permanecer hasta un mes sin el profesor correspondiente cuando hay una baja. Quién sabe si sospechosamente, la administración no es capaz de encontrar personal dispuesto a trabajar y en ocasiones es preciso pasar por un largo y tedioso proceso de creación de nuevas listas de interinos.

El ejemplo es sólo una muestra más de cómo la gestión de los centros concertados y los públicos difiere ya en el punto de partida: a menudo los concertados gozan de una autonomía que no se le permite a los públicos. La enseñanza concertada está condicionada fundamentalmente por el criterio de la rentabilidad, buscando el máximo aprovechamiento de los recursos humanos de que se dispone. El equipo directivo de un centro concertado trabaja, en cierto modo, "profesionalizado". En los centros públicos, la condición de funcionario de los trabajadores es irrenunciable, y los cargos directivos no gozan de esa autonomía: el control de los servicios de inspección es mucho mayor (y más frecuente) en la enseñanza pública que en la concertada. Por otro lado, los cargos directivos son ocupados por compañeros que antes o después volverán a dedicarse plenamente a la docencia por lo que su autoridad sobre el profesorado es más difusa que en la enseñanza concertada, y también su capacidad de maniobra.

Con todo, las diferencias en la gestión de ambos modelos no deben ocultar similitudes: se critica a las direcciones de los centros concertados porque asignan a profesores no especializados materias que no dominan. La propia administración obliga a los equipos directivos a rellenar las horas sobrantes de las asignaturas con personal de otro departamento ("materias afines", suele denominarse). El control del profesorado del que suele hacer gala la enseñanza concertada tampoco es tal: es verdad que sus profesores trabajan más horas, pero no pueden gestionar la plantilla con criterios de eficacia y calidad, entre otras cosas por las grandes indemnizaciones que eso supondría para el profesorado afectado. El funcionario apoltronado no dista mucho del profesor acomodado en la concertada, que además suele reservar horas para profesores que han de impartir clase simplemente porque pertenecen a la orden religiosa que dirige el colegio o porque es familiar íntimo del director de la cooperativa de turno. ¿Resulta aplicable la relación entre la empresa privada y la eficiencia cuando de enseñanza se trata" Sólo en algunos aspectos. En otros, la gestión de la enseñanza concertada y de la pública no guarda tanta distancia como en principio se pudiera pensar.